Logseq Doctor je alat naredbenog retka koji služi za manipulaciju Markdown datotekama namijenjenim platformi Logseq. Projekt je trenutno u alfa fazi i dostupan je u dvije verzije — Python i Go CLI. Dugoročni plan je potpuni prelazak na Go, pri čemu će nove funkcionalnosti biti dodavane isključivo u Go verziju. Alat se na macOS i Linux sustavima preporučuje instalirati putem Homebrew-a, dok se Python verzija instalira globalno pomoću pipx-a.