Bijela boja jaja predstavlja „osnovnu” boju jaja, a raznolikost boja jaja kod kokoši određuje se pigmentom koji se stvara u žlijezdi za stvaranje ljuske. Smeđa jaja nastaju zahvaljujući pigmentu nazvanom protoporfirin IX, koji daje crvenu boju našoj krvi. Boju jaja mogu utjecati i okolišni čimbenici te stres kojem je životinja izložena. Geni kokoši odlučuju hoće li se pigment uopće stvarati i koliko će ga biti.